Jakość wody ma istotny wpływ na akwakulturę. Dlatego szczególnie ważne jest, aby akwakultura znała wskaźniki wykrywania, przeprowadzała regularne kontrole jakości wody i terminowo reagowała na zmiany wskaźników jakości wody.
Głównymi parametrami badań wód akwakultury są pH, azot amonowy, tlen rozpuszczony, azotyny, siarczki i zasolenie. Wśród nich tlen rozpuszczony i odpowiednie pH są niezbędnymi warunkami, natomiast azot amonowy, azot azotynowy i siarczki to główne substancje toksyczne wytwarzane przez metabolizm ryb i krewetek. Dokładny i terminowy pomiar stężenia tych substancji, a następnie podjęcie odpowiednich działań, może znacznie poprawić przeżywalność ryb i krewetek oraz obniżyć koszty hodowli.